Fits Header nicht lesbar ?

Initialize, Create instrument, Splitting Script, Preparation.
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Bitte die Beiträge kurz fassen, so kann man sie nachher besser finden. Sollte ein Problem gelöst sein, dann einen neuen Beitrag eröffnen. Ebenso wenn die Ursache eine ganz andere ist, oder es Offtopic wird.

Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Mittwoch 14. Dezember 2011, 13:30

Hallo Thelis,
das Problem bei der Preparation scheint nun etwas anders zu liegen.
Ich konnte einige eigene Installationsfehler abstellen:

1. jetzt wird bei meinem System die bash shell verwendet und nicht die dash.
2. ich habe auf die GUI 2.4.1 umgestellt. Während des Installationsvorgangs meldete das System dass das Installationsskript auf einige Dateien nicht zugreifen konnte. Daraufhin habe ich das Skript als sudo erneut gestartet. Es lief glatt durch.
3. Kameraeinstellung und Splitting Skript sind neu erstellt.

Die Oberfläche startet von der Konsole aus einwandfrei.
Dennoch bleibt das Prtogramm in der Preparation mit Fehler meldungen hängen.
Es sieht für mich so aus als ob der FitsHeader nicht lesbar sei.

Hier ein Ausschnitt aus dem Log-File:
+ rpix1=1516
+ rpix2=1004
+ '[' 1516_A = _A ']'
+ '[' 1004_A = _A ']'
+ refpixel='1516 1004'
echo ${cdmatrix} | ${P_GAWK} '{print $1}'
++ echo -0.000575 0.0 0.0 0.000575
++ /usr/bin/gawk '{print $1}'
+ c11=-0.000575
echo ${cdmatrix} | ${P_GAWK} '{print $2}'
++ echo -0.000575 0.0 0.0 0.000575
++ /usr/bin/gawk '{print $2}'
+ c12=0.0
echo ${cdmatrix} | ${P_GAWK} '{print $3}'
++ echo -0.000575 0.0 0.0 0.000575
++ /usr/bin/gawk '{print $3}'
+ c21=0.0
echo ${cdmatrix} | ${P_GAWK} '{print $4}'
++ echo -0.000575 0.0 0.0 0.000575
++ /usr/bin/gawk '{print $4}'
+ c22=0.000575
echo ${refpixel} | ${P_GAWK} '{print $1}'
++ echo 1516 1004
++ /usr/bin/gawk '{print $1}'
+ cr1=1516
echo ${refpixel} | ${P_GAWK} '{print $2}'
++ echo 1516 1004
++ /usr/bin/gawk '{print $2}'
+ cr2=1004
+ '[' 1 = 1 ']'
+ cd11=-0.000575
+ cd12=0.0
+ cd21=0.0
+ cd22=0.000575
+ cpx1=1516
+ cpx2=1004
+ k=2
+ '[' 2 -le 1 ']'
+ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//mefsplit -CRPIX1 1516 -CRPIX2 1004 -CD11 -0.000575 -CD12 0.0 -CD21 0.0 -CD22 0.000575 -CRVAL1 0.001 -CRVAL2 0.0 -EXPTIME 1.000000000000E-003 -AIRMASS 1.0 -GABODSID 821 -FILTER RGB -EQUINOX 2000.0 -OBJECT Bias_ab -M11 1 -M12 0 -M21 0 -M22 1 Bias_NewDiverOpt-001B.fits

> WARNING: default.split not found, using internal defaults

reading main header
error: reading main header from [Bias_NewDiverOpt-001B.fits]
+ k=1
+ '[' 1 -le 1 ']'
get_key ${FILE} "DATE-OBS"
++ get_key Bias_NewDiverOpt-001B.fits DATE-OBS
++ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//dfits Bias_NewDiverOpt-001B.fits
++ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//fitsort DATE-OBS
++ /usr/bin/gawk '(NR==2) {if ($2!="KEY_N/A") print $2}'
+ tmp=2011-10-02T12:10:40
+ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//replacekey Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits 'DATE-OBS= 2011-10-02T12:10:40' DUMMY1
cannot open Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits: aborting
error getting FITS header size for Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits
error during placeholder replacement: aborting
+ k=2
+ '[' 2 -le 1 ']'
+ k=1
+ '[' 1 -le 1 ']'
+ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//replacekey Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits 'BAYERPAT= '\''GRBG'\''' DUMMY10
cannot open Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits: aborting
error getting FITS header size for Bias_NewDiverOpt-001B_1.fits
error during placeholder replacement: aborting
+ k=2
+ '[' 2 -le 1 ']'
+ mv Bias_NewDiverOpt-001B.fits ORIGINALS/Bias_NewDiverOpt-001B.fit
+ for FILE in '${FILES}'
echo $FILE | ${P_GAWK} 'BEGIN {FS="."} {print "."$NF}'


Ich habe nicht den Eindruck dass es an den Parametern der Kameraeinstellungen liegt.
Ist das der Header oder ist das das ganze File welchers nicht lesbar ist ?

An dieser Stelle komme ich nicht mehr weiter und bitte um Hilfe.

viele Grüsse
Christian
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon mischa » Mittwoch 14. Dezember 2011, 14:49

christian,

schubi hat geschrieben:1. jetzt wird bei meinem System die bash shell verwendet und nicht die dash.


das war nur bei aelteren versionen relevant.

schubi hat geschrieben:2.Während des Installationsvorgangs meldete das System dass das Installationsskript auf einige Dateien nicht zugreifen konnte. Daraufhin habe ich das Skript als sudo erneut gestartet.


in welchem verzeichnis installierst du das? auf welche dateien konnte nicht zugegriffen werden? wie aren die genauen fehlermeldungen?
als 'root' zu installieren ist ganz schlecht, weil du dann spaeter als normaler user auf bestimmte datein nicht zugreifen kannst, bzw. nicht veraendern darfst. d.h. theli wird nicht richtig laufen.

mischa
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Mittwoch 14. Dezember 2011, 16:41

Hallo Mischa,
den Installationslog habe ich nicht mehr.
Wie kann ich die letzte GUI als root deinstallieren ?
Danach könnte ich wieder als normaler User die Installation durchführen.

Linux ist eben anders als Windows.

viele Grüsse
Christian
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon Knickohr » Mittwoch 14. Dezember 2011, 18:04

Hi,

indem Du das Verzeichnis der letzten GUI rekursiv löscht :

Beispiel :

# rm -R THELI/gui-2.4.0/

Natürlich als root.

Thomas
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon richy » Mittwoch 14. Dezember 2011, 18:59

Hi,

hab im WIKI fett rot den Hinweis eingetragen THELI nicht als root zu installieren !

Grüße

Richard
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:11

Danke,
habe ich genauso gemacht.
Die GUI 2.4.1 ist neu installiert und das Programm startet ordungsgemäss.
Die Meldungen während der Installation habe ich aus der Konsole kopiert und gespeichert.
Wird eine Inst.-Log irgendwo grundsätzlich abgespeichert ?

Merkwürdig ist dass ich nunim Verzeichnis THELI einen Link auf das Verzeichnis theli-1.5.1 habe.
Das Verzeichnis theli-1.5.1 gehört einem User 2001. Wer ist das ?
Ich kann natürlich als root die Besitzrechte ändern.

Der Fehler bei der Preparation besteht weiterhin.
Der Fitsheader oder die jeweilige Datei ist nicht lesbar. ( siehe viewtopic.php?f=35&t=159)

Es sieht für mich nach dem Fehler viewtopic.php?f=35&t=52 aus.

Soll ich die Pipe neu komplilieren ?


noch einmal Danke für die Hilfe.
Christian
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon richy » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:18

GHi,

wenn Du den Ordner user/THELI gelöscht hast dann sollte auch keine Pipeline mehr da sein. Die liegt nämlich in dem Ordner !

Grüße

Richard
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:20

@ Richy,

habe leider nicht gelesen und habe den Fehler begangen.

Ich stelle jetzt fest, dass nur root Zugriffsrechte auf das Verzeichnis theli/bin/Linux_64 hat.
Alle anderen Dateien gehören dem ominösen user 2001.

Ich vermute das ändern zu müssen. Ich frage vorher bevor ich wieder etwas falsch mache.

Gruss
Christian
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:22

@ Richy,
ich habe nur die GUI gelöscht.
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon richy » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:29

Hi,

also einfach nochmal von vorne. Nur dasmit wir da am Ende nicht noch Stolperfallen haben.

rm-rf user/Theli

und dann bitte als Dein user kopierst du die beiden Tarballs in den ordner user/THELI

Erst die pipeline entpacken udn compile laut wiki.
dann die gui.

Sollte in 10 - 15 Minuten erledigt sein !

Dananch viel Erfolg.

THELI bitte nur aus der Konsole starten.

in deine bash.rc trägst Du ein:

bashrc: export PATH=$PATH:/home/user/THELI/theli/bin/Linux_64/

wenn es eine 32 bit kiste ist dann natürlcih /Linux !

Einmal die Konsole zu machen und wieder starten und Du kannst Theli von jedem Ort aus starten per
theli &

das & damit die Konsole frei bleibt !

Grüße

Richard
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon Knickohr » Mittwoch 14. Dezember 2011, 19:58

richy hat geschrieben:theli &

das & damit die Konsole frei bleibt !

Dann bekommt er aber eventuelle Fehlermeldungen in der Konsole nicht mit, die Theli in eben dieser ausspuckt !

Die Prozesse in den Hintergrund schicken mag ja auf einem Server OK sein, der nur wenige Konsolen zur Verfügung stellt. Aber ich denke mal, das auf diesem PC nur Theli läuft, und sonst nix. Was hindert ihn daran, eine weitere Konsole zu öffnen ;-)

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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Donnerstag 15. Dezember 2011, 10:30

Hallo zusammen,
Theli ( pipe 1.5.1 und GUI 2.4.1) ist neu installiert. Der Installationsprozeß lief gut durch. Beim Aufruf von theli in der Konsole startet die GUI einwandfrei.
Leider läuft die Preparation ( Split FITS/ correct header) immer noch nicht fehlerfrei durch.
Das Splitting-Script habe ich mehrfach neu erstellt.
Das Script macht aus den fit Dateien fits Dateien. Diese Dateien habe ich noch nicht gesehen.
Danach erfolgt eine Warnung dass default.split nicht gefunden wurde und deshalb interne Defaults angewendet werden.
Schliesslich zeigt das log-file dann dass der main header nicht gelesen werden kann.

Es bleibt spannend.
vg

Christian
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon schubi » Donnerstag 15. Dezember 2011, 14:41

@ Mischa
ich habe die aktuellen Fits-Dateien auf meinem alten Rechner mit dem dort laufenden Theli versucht zu bearbeiten.
Auch dort bricht die Preparation ab.
Es scheint so zu sein dass der neue Treiber für die Kamera etwas nicht konformes macht.
Ein exemplarisches Flatfield habe ich Dir per Mail geschickt.

vg
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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon mischa » Freitag 16. Dezember 2011, 02:28

hi christian,

bin in santiago, kann mich erst am montag drum kuemmern.

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Re: Fits Header nicht lesbar ?

Beitragvon richy » Freitag 16. Dezember 2011, 18:35

Hi,

schubi hat geschrieben:Das Script macht aus den fit Dateien fits Dateien. Diese Dateien habe ich noch nicht gesehen.



nach der Preparation heißen alle Datasets xxx.fits !

Grüße

Richard
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