Installationsvoraussetzungen

[ThomasS]

Hallo Mischa, liebe Ubuntu-Erfahrene,

ich (Linux-unerfahren, aber immerhin mit Anleitung früher zu einer guten theli_v2 Installation durchgebissen, und jetzt dank Forum und Mischas Anleitung eine noch nicht befriedigend laufende v3-Installation zustandegebracht) habe noch mal ganz von vorne angefangen, weil meine bisherige Installation viele der Programme in einer zu alten Version enthält, und bin jetzt immer noch dabei, die in Install (von Theliv3) genannten Voraussetzungen für die Theliv3 zu erfüllen.
Dazu habe ich in einer Virtual Box eine Maschine mit Ubuntu18.04 LTS neu aufgesetzt und scheitere eigentlich schon an der ersten Anforderung "qt5 Devel-Version 5.9.6 oder höher" (weil standardmäßig 5.9.5 installiert würde). Daher meine Fragen:

(1) Verstehe ich das richtig, dass die Installation der Devel-Versionen (ich weiß nicht sicher, wie ich devel-Versionen erkenne) von qt5, cfitsio... und das Auflösen der dependencies mit sudo apt install g++... zwei verschiedene Dinge sind? (Einen Teil des sudo apt install muss ich nach meiner Erfahrung vorab durchführen, damit z.B. die build-essentials für die Installation von qt überhaupt zur Verfügung stehen, oder?)
(2) Reicht eine "run"-Version von Qt, z.B. qt-opensource-linux-x64-5.14.2.run oder brauche ich z.B. ein super mudule wie qt5-5.12.8.tar.gz vom github und muss dann die ganze Prozedur laut https://wiki.qt.io/Building_Qt_5-from_G ... ource_code abarbeiten, die meine erste 25GB-Partition leider gesprengt hat. Wenn letzteres zutrifft, welche Module davon brauche ich, welche kann ich weglassen, oder einfach alles in einer größeren Partition installieren?
(3) Muss man bei einer Installation z.B. von 5.12 oder 5.14 über qt.io mittlerweile unbedingt einen account bei qt.io anlegen (ich komme sonst weder bei dem online-installer noch bei der installation von z.B. qt-opensource-linux-x64-5.14.2.run weiter, next wird nicht freigegeben. Im Internet steht eigentlich, dass nur die LTS-Versionen einen zwingenden account benötigen)?

Ich hoffe, es hat jemand den Nerv, diese Anfängerfragen zu beantworten. Danke. Thomas

[spiegelei]

Hi Thomas,
zumindest die Beta-Versionen der 3 konnte ich in der VM unter Ubuntu 18.04 auch mit der QT 5.9.5 übersetzen.
Ich könnte mal probieren ob das mit der aktuellen Version auch noch geht.
Tu Dir das bloss nicht an, QT aus den Quellen zu bauen

Gruß
Karsten

[spiegelei]

Hi Thomas,
habs grade probiert - geht problemlos mit der 5.9.5.
Theli waren die Sourcen von heute.
Gruß
Karsten

[mischa]

Hi Thomas,

getestet und gebaut habe ich mit Qt 5.9.6. Ich weiss, dass es mindestens zurueck bis 5.7 kompatibel ist, das haben vor kurzen andere user getestet, eventuell geht auch noch 5.6, davor aber definitiv nicht.

mischa

[ThomasS]

Ich bin jetzt schon recht weit gekommen, habe gestern sogar schon theli starten können. Heute kommt bei der Eingabe von "theli" ins Terminal:
thomas@thomas-VirtualBox:~$ theli

ERROR: Mismatch in the CFITSIO_SONAME value in the fitsio.h include file
that was used to build the CFITSIO library, and the value in the include file
that was used when compiling the application program:
Version used to build the CFITSIO library = 5
Version included by the application program = 9

Fix this by recompiling and then relinking this application program
with the CFITSIO library.
Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben)

Ich habe also in theli ein neues Makefil erzeugt, make, make clean.
Das hat aber allein nicht geholfen.
Kann mir jemand sagen, wie das "relinking von Theli mit derCFITSIO library" funktioniert? Das wäre super!

[spiegelei]

Hallo Thomas,
das klingt ein bisschen danach, als hättest du verschiedene Versionen der libraries installiert bzw. wurden die libs mal aktualisiert nachdem die cfitsio installiert wurde. Den Fehler hatte ich auch, da waren von meinen Bastelversuchen Reste übergeblieben. Ich hatte dann manuell alle Fragmente gelöscht und die cfitsio neu gebaut. Das war ein bisschen tricky bis das ging.
Vielleicht nutzt das System auch die falsche fitsio.h - soweit ich mich erinnere bringt atlas eine eigene mit (ich kann aber leider grade nicht nachsehen).

Du kannst ja mal
sudo find /usr -name fitsio.h
laufen lassen und sehen was gefunden wird.

Gruß
Karsten

[ThomasS]

Ergebnis:
thomas@thomas-VirtualBox:~$ sudo find /usr -name fitsio.h
[sudo] Passwort für thomas:
/usr/include/fitsio.h
(die dortige fitsio.h enthält #define CFITSIO_SONAME 9)

und dann noch ein Fund in dem Verzeichnis, in dem ich das Makefile erzeugt habe:
(es könnte sein, dass ich bei einem vorhergehenden Installationsversuch von fitsio make install versucht hatte, bevor ich sudo make install verwendet habe).

thomas@thomas-VirtualBox:~$ find -name fitsio.h
./Software/cfitsio-3.48/fitsio.h
(die dortige fitsio.h enthält ebenso #define CFITSIO_SONAME 9)

[ThomasS]

Du schreibst außerdem, du hast alle Fragmente gelöscht und cfitsio neu aufgebaut.

Zumindest habe ich vor der theli-Neuinstallation auch nochmals cfitsio mit ./configure --prefix=/usr, make, sudo make install neu gebaut und erfolgreich das in der dortigen Readme beschriebene Testprogramm ausgeführt

(The CFITSIO library should be tested by building and running the testprog.c program that is included with the release.
On Unix systems, type:
-
% make testprog
% testprog > testprog.lis
% diff testprog.lis testprog.out
% cmp testprog.fit testprog.std

The testprog program should produce a FITS file called `testprog.fit'
that is identical to the testprog.std FITS file included in this
release. The diagnostic messages (which were piped to the file
testprog.lis in the Unix example) should be identical to the listing
contained in the file testprog.out. The 'diff' and 'cmp' commands
shown above should not report any differences in the files.

Ausgabe:
thomas@thomas-VirtualBox:~/Software/cfitsio-3.48$ make testprog
make: „testprog“ ist bereits aktuell.
thomas@thomas-VirtualBox:~/Software/cfitsio-3.48$ testprog > testprog.lis
thomas@thomas-VirtualBox:~/Software/cfitsio-3.48$ diff testprog.lis testprog.outthomas@thomas-VirtualBox:~/Software/cfitsio-3.48$ cmp testprog.fit testprog.std
thomas@thomas-VirtualBox:~/Software/cfitsio-3.48$ )

[spiegelei]

Hallo Thomas,
versuche das Ganze nochmal mit
sudo find /usr -name libcfitsio

Du kannst auch noch folgendes ausprobieren
baue cfitsio nochmal mit der zusätzlichen Option --enable-shared und dann
make
make shared
make install

Gruß
Karsten

[ThomasS]

Leider kein Ergebnis:
thomas@thomas-VirtualBox:~$ sudo find /usr -name libcfitsio
[sudo] Passwort für thomas:
thomas@thomas-VirtualBox:~$

aber z.B.
thomas@thomas-VirtualBox:~$ sudo find /usr -name libcfitsio.so
/usr/lib/libcfitsio.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcfitsio.so (und tatsächlich liegen da die files einer älteren Variante 5.3.43.statt 9.3.48 und auch atlas!) Was also tun?

[ThomasS]

Hallo Karsten,
hab jetzt cfitsio nach deiner Anleitung mit shared installiert, hat allein nichts gebracht.
Hab dann theli neu gebaut, bringt noch die gleiche Fehlermeldung.

Ich müsste also wohl irgendwie die alten libraries aus dem x86_64-linux-gnu Verzeichnis entfernen, oder? Nur einfach manuell löschen geht ja wohl nicht, oder?
Lieben Gruß Thomas

[spiegelei]

Hallo Thomas,
na ja, manuell löschen würde schon gehen, hat aber evtl. ein inkonsistentes System zur Folge. Du kannst versuchen, über apt-get das cfitsio-devel Paket upzudaten (vorher das cfitsio aus /usr/lib löschen), vielleicht reicht das schon. Mit dem Löschen aus dem gnu.. Verzeichnis kommst Du dem apt-get in die Quere. Wenn es aber nicht anders geht dann die Version aus gnu... löschen und aus den eigenen Sourcen neu installieren. Das musst Du dann aber in Zukunft immer aus den Sourcen aktualisieren. Falls es make install nicht schon macht hinterher nochmal sudo ldconfig laufen lassen.
An Atlas darfst Du nix machen, das brauchst Du noch


Gruß
Karsten

[ThomasS]

Hallo Karsten!
Herzlichen dank für deine Tipps!

Nach einigen Versuchen läufts jetzt, auch wenn ich im Nachhinein nicht mehr exakt sagen kann, was ich alles probiert habe:
- Ich habe jedenfalls nichts manuell gelöscht.
- ldd theli (im theli/src-Verzeichnis) zeigt, dass theli ganz viele libs aus dem Verzeichnis /usr/lib/x86_64-linux-gnu verwendet und genau dort standen die alten libcfitsio...
- Ich hab ein Neuverlinken mit ldconfig probiert (siehe dazu http://www.linux-praxis.de/lpic1/lpi101/1.102.4.html)
- Auf alle Fälle habe ich cfitsio zwei mal neu installiert, einmal mit shared libraries (ohne dass ich den Erfolg sehen konnte) und ein weiteres Mal mit Angabe des -gnu-Verzeichnisses als libdir, was dazu geführt hat, dass dort jetzt sowohl die alten als auch die neuen libcfitios stehen.
- Am Ende habe ich theli neu gebaut (weil ichs mir mit einem gcc -o theli Befehl kaputt gemacht hatte), und o Wunder, dann lief es. Nach Erfolg zeigt jetzt ldd theli die libfitsio version 9!

Jetzt hab ich gerade ein paar Bilder problemlos entwickelt, zumindest mal HDU-reformatting und process bias/darks/flats/lights. Alles schnell und gut.

Heute schlaf ich besser. Nochmals danke!
Thomas

[spiegelei]

Hallo Thomas,
schön dass es geht.
Wenn Du die libs mit --prefix=/usr/lib/gnu-...... neu gebaut hast und es damit ging wäre es trotzdem sinnig, die vorherigen Builds aus /usr/lib zu löschen, damit es später mal kein Durcheinander gibt.

Gutes Gelingen
Karsten

[mischa]

Hallo,

cffitsio bitte immer mit "./configure --enable-reentrant" konfigurieren, sonst gibt's ein 'crash and burn' wenn ihr THELI mit mehr als einem Prozessor laufen lasst!
Das vorkompilierte Debian-Paket ist entsprechend eingerichtet, aber nicht wenn ihr es per Hand macht. Da muss man das explizit mit angeben.

mischa